Retábulo em madeira policromada imitando mármores. Esta pintura decorativa, aliada à sobriedade arquitectónica da composição e ao parco uso de elementos decorativos dourados torna-o um exemplar representativo do período tardobarroco. O medalhão central rematado por um laço, para além das finas grinaldas pendentes em simetria, remete-nos já para o gosto do decorativismo neoclássico, permitindo-nos situar a sua execução nas últimas décadas do século XVIII.
O nicho central alberga uma imagem medieval (século XIII) de São Francisco de Assis, o fundador da Ordem franciscana do antigo convento a que pertencia esta igreja.