A capela, de traça gótica, ficou conhecida como panteão da família Brandão Pereira, importante família portuense desde o século XV.
Do lado direito, encontram-se dois túmulos enquadrados por um alçado de desenho renascentista. A arca superior apresenta somente uma inscrição, que refere a identidade do tumulado, Fernão Brandão Pereira, e assenta sobre as esculturas de três leões. O leão do centro segura as armas da família. Por baixo, um túmulo mais antigo, apresenta caracteres góticos e dois escudos, semi-encobertos.
A arca tumular do lado esquerdo, em calcário, apresenta a mesma linguagem decorativa renascentista. Exibe a data de 1501, entre figuras fantásticas que expõem as armas dos Brandão e elementos de decoração vegetalista. (a julgar pela dimensão, esta será um memorial fúnebre e não um túmulo).
O retábulo desta capela, dedicado aos Reis Magos, que figuram no nicho central superior, é o de execução mais antiga ainda existente na igreja de São Francisco, podendo ser datado, com muita probabilidade, da primeira metade do século XVII.
A grande profusão de relevos e os temas decorativos de inspiração clássica romana que apresenta, nomeadamente no registo inferior, que leva ao preenchimento total dos fustes das suas colunas, determina a sua integração numa fase da talha dourada portuguesa designada por Protobarroco. Na parte inferior, encontramos São José, ladeado por Nossa Senhora do Carmo e São João Damasceno.
Os painéis de talha vazados que permitem a entrada de luz na parte superior, são acrescentos posteriores que terão substituído pinturas, imagens ou painéis com relevo. Outra intervenção posterior introduziu-lhe o branco de leite, quando originalmente era todo dourado. O mesmo se passou com a mesa de altar, do período neoclássico.