Retábulo policromado e dourado com destaque para a representação cenográfica dos Mártires de Marrocos, nas esculturas do nicho central inferior, e dos Mártires do Japão, no painel relevado, no andar superior.
Estes dois episódios, ocorridos nos séculos XIII (em Marrocos) e XVI (no Japão), representam momentos históricos exemplares uma vez que os monges franciscanos foram protagonistas e morreram no cumprimento da sua missão evangelizadora nesses países.
Entre os dois andares, um pequeno nicho exibe a figura de São Gualter, santo que o próprio São Francisco enviou, em 1217, para estabelecer a Ordem dos Franciscanos em Portugal.
As restantes esculturas deste altar, representam São Pedro de Alcântara (lado esquerdo, em baixo) e São Manuel (lado direito, em baixo), Santa Sancha e Santa Bárbara (nos nichos laterais superiores).
A profusão de talha dourada, os elementos decorativos utilizados (conchas, espirais, marmoreados) e o dinamismo e assimetria que os motivos deste altar apresentam, enquadram-no no estilo Rococó.
A mesa de altar é já posterior, manifestando a estética do período neoclássico.