Sendo um dos retábulos mais aparatosos, e talvez por isso, dos mais conhecidos de toda a arte retabular portuguesa, a sua dimensão e profusão de imagens ainda hoje impressiona quem está na sua presença. Este retábulo barroco veio substituir um outro da árvore de Jessé existente na igreja, provavelmente aumentando o seu aparato, uma vez que os Franciscanos foram dos primeiros e maiores defensores do dogma da Imaculada, a Virgem concebida sem pecado. Este facto terá contribuído para o enorme investimento e magnificência que o retábulo exibe no interior desta igreja, tornando-o num dos expoentes máximos de toda a arte da talha portuguesa.
Neste caso, a talha prolonga-se para os pilares da nave central, revestindo ainda o respectivo arco ogival. No topo deste surge a representação de três figuras. Segundo o contrato, a imagem do centro representaria a Igreja; do lado esquerdo estaria a Fé com a custódia e a cruz; finalmente, do lado direito, a Sabedoria, sendo estas alegorias associadas à Virgem. No centro do arco surge uma cartela onde se insere o monograma de Maria (AM).
A Árvore de Jessé representa a genealogia de Jesus, de acordo com o Evangelho de São Mateus (Mt 1,17), iniciada na figura de Jessé, que aqui surge deitado, e pai de David, que aqui aparece a segurar uma harpa. Seguem-se as representações dos sucessivos antepassados de Cristo, reis de Judá, culminando na imagem da Virgem com o Menino, no topo da árvore – a Imaculada Conceição.
Continuando, no retábulo, a glorificação de Maria, toda a iconografia neste remete para a Virgem, ladeada pelas imagens dos seus pais, Santa Ana e São Joaquim, que surgem no registo superior. No andar de baixo podem observar-se os quatro doutores que particularmente escreveram da Senhora, conforme vem referido no contrato para a execução da talha. No topo, e uma vez mais cumprindo o que havia sido ajustado com os entalhadores, figurou-se Jesus, o Pai e o Espírito Santo em forma de pomba, coroando a Mãe de Cristo. Na base, por trás da imagem de Jessé, ficam os atributos de Maria, em meio relevo, na sua grande maioria retirados do Cântico dos Cânticos, mas também do livro da Sabedoria ou do Eclesiástico e dos Salmos; entre outros figura-se o Sol, a Lua, um espelho, uma torre, um poço, uma fonte, um templo, uma porta do Céu, a rosa, a oliveira, o cedro, etc, tudo símbolos que aludem à pureza e imaculada concepção de Nossa Senhora.
Uma especificidade deste retábulo prende-se com o facto de as colunas não serem torsas, como foi apanágio do Barroco português, mas de fuste recto, com estrias na vertical engalanadas por laços, meninos e flores, o que o insere numa variante regional, que circulou em torno da cidade do Porto, excluindo o uso da videira, cachos de uva e fénix para decorar as colunas como foi mais comum no Barroco deste período.
A mesa de altar, bem como a maquineta onde se exibe a Senhora da Boa Morte, foram acrescentadas em época posterior, sendo a mesa de estilo neoclássico.