Pertença da família Carneiro, esta capela foi instituída por João Carneiro, em 1525. A sua arquitectura, característica das elites do Renascimento, está atribuída ao circulo de Diogo de Castilho e repete em vários elementos (chave da abóbada, remate dos colunelos que ladeiam o arco) a figura de um cordeiro ou Agnus Dei como símbolo de São João Baptista e do apelido da família Carneiro.
O retábulo ajusta-se ao espaço acompanhando a elevação das nervuras da abóbada quinhentista. Seguindo-as ganha muito destaque pela grande elevação que atingem os seus ornatos de forte dinamismo rococó. Na sua base salienta-se a mesa de altar rectangular, ainda original, ao contrário da maioria dos restantes altares da Igreja.
Este retábulo reintegra uma pintura quinhentista do Baptismo de Cristo, atribuída a André de Padilha, realçando-a com o douramento integral a folha de ouro. Nesta representação, para além de João Baptista a baptizar Jesus, estará representado o retrato do doador ou a pessoa que terá encomendado a pintura, de seu nome João Carneiro, na parte lateral esquerda.